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［システム管理＞カレンダー］は会社として決めれた固定休を設定できるもので、全社員統一の公休を設定する場合に適した設定画面です。
人によって休日が異なる場合は、［システム管理＞カレンダー］では全て平日として登録したものをご利用いただき、届出機能を活用して休日を申請承認させる方法や、シフト機能をご活用いただく方法がございます。

[参考ヘルプページ]
勤怠マニュアル シフト設定
勤怠マニュアル 届出

シフトで運用するか、カレンダーで運用するかお悩みの場合は以下の記事をご参考に検討いただけますと幸いです。
シフトのすべて | 初期設定やバラバラな勤務体系をシンプルに管理する方法を解説

それぞれのメリットやデメリットについては以下の記事がご参考になれば幸いです。
Q. 【アルバイト、パート】日次勤怠とシフトどちらで利用すればいいでしょうか？
Q. 勤務はバラバラだがシフト設定をせずに運用したい
Q. すべて「出勤」のカレンダーで不都合なことは？
Q. 勤務パターンはバラバラだがシフトを組まずに運用すると、通知メールや休日出勤で問題が生じないか？
Q. 日次勤怠画面の所定日数はどう計算され表示されているのでしょうか？