A.
●考えられる原因

①週40時間超の集計／１か月変形の集計が「集計する」設定になっている

https://faq.ieyasu.co/kintai/2675/
→この集計を想定しない場合、社員設定で週40時間超の集計／１か月変形の集計を「集計しない」にご変更ください。

②法定時間外労働時間と休日労働時間をどちらも「含める」設定にしている

https://faq.ieyasu.co/kintai/1503/
→通常の平日勤務用の勤務区分の場合は「法定時間外労働時間」のみ「含める」／法定(外)休日労働時間「含めない」にご変更ください。
一方、休日労働用の勤務区分の場合は「法定時間外労働時間」は「含めない」／法定休日労働時間　または　法定外休日労働時間　のいずれか一方を「含める」にご変更ください。