A.休暇設定は現状削除できません。
表示順で最下部に下げるなどして【利用不可】として残してください。
（システム上影響範囲が多いため休暇設定は残させて頂いております）

また、日次勤怠画面上の休暇項目の表示は
システム管理＞日次勤怠項目設定より　非表示　と設定できます。