A.
週40時間超の集計／１か月変形の集計が「集計する」設定になっていることが原因として考えられます。

https://faq.ieyasu.co/kintai/2675/
→この集計を想定しない場合、社員設定で週40時間超の集計／１か月変形の集計を「集計しない」にご変更ください。