A.

集計方法（定義）が異なるため時間も異なります。

所定内労働時間とは、就業規則などに定められている始業から終業までの時間のことです。
総労働時間とは、所定内労働時間に加え残業などの所定外労働時間（就業規則による労働時間を超過した時間）を含んだ総時間です。

詳しい集計ロジックは以下の記事にてご案内しております。
Q. 日次勤怠に表示する各項目の集計ロジックは？