A.

法定外休日出勤の勤務区分が正しく設定されていない可能性があります。
［システム管理＞勤務区分］より、法定外休日出勤の勤務区分編集画面へ移動し、「法定外休日労働時間」が「含める」になっているかどうかをご確認ください。（「含めない」になっている場合、法定外休日出勤としてカウントされません）

▼法定外休日出勤の勤務区分編集画面