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原則、休暇管理の有給休暇取得日数と勤怠承認の有給休暇取得日数が異なることはございませんが、有給休暇日数を途中で設定変更をしたことが原因として考えられます。変更前の有給休暇日数で設定した日数と、変更後の有給休暇日数で設定した日数を全てカウントしていた場合、日数にズレが生じます。

有給休暇日数を変更したことにより日数にズレが生じた場合は下記の手順で再設定してみてください。
１）別の勤務区分を一旦登録
２）正しい勤務区分を更新