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短時間休業によって雇用調整助成金を受給する場合、特例措置により短時間休業に活用しやすくなっており「シフト制における短時間休業にも活用可能」と発表されています。

【関連】
厚生労働省：リーフレット「雇用調整助成金は短時間休業にもご活用いただけます！！」　

基本：「短時間休業シフト」の勤務区分を作成

基本的には、「短時間休業シフト」の勤務区分を作成していただき、短時間休業となっている日はその勤務区分を利用していただく流れになります。

勤務区分の設定方法につきましてはクイックスタートマニュアル（勤務区分）をご確認ください。
クイックスタートマニュアル（勤務区分）

また、シフトの設定方法につきましてはクイックスタートマニュアル（シフト）をご確認ください。
クイックスタートマニュアル（自由シフト）
クイックスタートマニュアル（シフト）

必ず顧問社労士や該当機関に確認を

ただ、助成金の制度や書類の審査基準などは変更になることがありますので、詳しい設定方法については管轄のハローワークや顧問社労士にご確認してください。