A.
日次勤怠編集画面（鉛筆マーク）より、勤務開始時間の修正をお願いします。

（例）
所定時間が9:00-18:00の会社において、電車遅延により09:45に出勤打刻を行なった
→その日の日次勤怠編集画面（鉛筆マーク）の「出勤・退勤時刻」の出勤時刻を「9:00」に変更してください。

※「出勤・退勤時刻」の項目で時刻を編集できますが、打刻時刻は客観的なデータとして残ります（グレーの時刻が打刻時刻）
※必要に応じて遅延証明書等を添付することもできます

【関連】
Q. 領収書、遅延証明書、診断書などを添付できますか？

「遅刻時間・遅刻日数には含めないが、実際に働いた時間を総労働時間とする（遅刻した時間は労働時間に含めない）」という運用につきましては、以下のFAQをご覧ください。
Q. 遅刻・早退を申請させるためにはどのような運用方法がありますか？