A.
勤怠設定で、遅刻・早退時間に休憩時間を含む・含まないを設定できます。

▼勤怠設定＞打刻・端数処理＞打刻画面＞遅刻・早退＞休憩時間を計算から除く・除かない
1)除く→遅刻・早退時間から休憩時間を除外します。
2)除かない→遅刻・早退時間に休憩時間を含めます。

例：勤務時間9:00-18:00／休憩時間12:00-13:00

1)除くの設定
①出勤時刻 14:00 の場合　→　遅刻時間 4:00 [9:00-12:00, 13:00-14:00]
②退勤時刻 11:00 の場合　→　早退時間 6:00 [11:00-12:00, 13:00-18:00]

2)除かないの設定
①出勤時刻 14:00 の場合　→　遅刻時間 5:00 [9:00-14:00]
②退勤時刻 11:00 の場合　→　早退時間 7:00 [11:00-18:00]