A.
1）既存の「特別休暇日数」は削除できません。
また、休暇管理と紐づいていないので、残数管理用にはご利用いただけません。

2)したがって利用残数を管理したい場合、別途「休暇設定」画面で残数管理用の「特別休暇」を作成していただく必要があります。

3）その際名称を「特別休暇」で登録してしまうと既存の「特別休暇」と重複表示してしまいます。

差別化するためには明示的に名称を変えていただく必要があるので
別途作成した「特別休暇」の名称を例えば「特別休暇_残数有」などにご変更ください。

4）残数管理用には3）の「特別休暇_残数有」をご利用ください。
その際勤務区分設定では「特別休暇日数」ではなく「特別休暇_残数有日数」の設定でご利用ください。

参考：
有給休暇等の初期設定方法は？