A.

以下のような事例を元に説明いたします。

（例）
コアタイム：10時-15時のフレックスタイム制
コアタイムを対象に遅刻早退は記録する

[システム管理＞勤務区分]にて、フレックスの勤務内容を登録します
（デフォルトで設定されているID18のFLEX（コア有）を参考にしてください）

・勤務時間:10:00～15:00 (✳︎1)
・所定時間を設定
・所定内労働時間：変形労働制（フレックス含む）
・法定時間外労働：所定時間超（マイナス可）
・遅刻時間：含める (✳︎2)
・早退時間：含める (✳︎2)

(✳︎1)勤務時間の項目にコアタイムの時間を入力
(✳︎2)「含める」を選択することでコアタイムを基準に遅刻／早退を判定できます

【関連】
Q. コアタイム無のフレックスタイムの勤務区分のはどう設定すべき？

なお、勤務区分の詳しい設定方法につきましては、クイックスタートマニュアルをご覧ください。
クイックスタートマニュアル（勤務区分）