A.

以下いずれかが原因として考えられます。

原因候補①従業員の方が日次勤怠画面から手入力修正を行った
原因候補②すでに打刻をしている日のシフトを後から登録しなおしたため、出退勤時間＝打刻時間となっていたものが、出退勤時間＝シフト設定時間に上書きされた

また、以下の要因が複数重なった場合に上書きされてしまう恐れがあります。
・勤務区分の設定で「勤務時間の初期表示を [する] 」としてあると、勤務時間が日次勤怠画面にデフォルトで表示されます。
・CSV登録でシフトの一括追加をすると、すでに打刻した状態からデフォルト勤務時間が上書きされてしまいます。
・過去のシフトの再登録をし、「日次勤怠データ生成」をすると、データ再生成時に、申請・承認されていないデータはリセットされてしまうので、打刻時間が消されてデフォルト勤務時間に上書きされてしまいます。

よって、勤務区分の設定で「勤務時間の初期表示を [しない]」とすることで、上書きは回避されます。