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有給休暇が正しく設定された状態であれば、日次勤怠画面で勤務区分から「有給休暇」を選択することは一般利用者でも可能です。ただし、有給休暇を付与すること自体は、システム管理者でなければできません。

有給休暇の付与は、システム管理＞休暇管理＞休暇を修正するの画面から登録が可能です。事前にお一人ずつ有給休暇の残数を設定する必要があります。
間違えて登録してしまった場合は、付与を行った年度の画面に戻り、該当の「残数調整」欄のリンクから、数値を修正したり、削除していただくことが可能です。