A.
LINE WORKS打刻は、そもそも連携の設定を行わなければ打刻ができません。LINE WORKS打刻をさせたくない場合は連携の設定をしないでください。

【関連】
Q. LINE WORKS API 2.0 で連携しLINE WORKS上から打刻できますか？

また、連携させてしまったとしても、「LINE WORKS連携編集」画面の「打刻設定」や「リッチメニュー」項目のチェックを外すことによって打刻ができなくなります。

チェックをはずした状態でLINE WORKS打刻を行うと「LINE打刻設定されていません。管理者に問い合わせください」というエラーメッセージが表示されます。