A.

1.35というのは、休日出勤した場合の手当の”計算”の内容となります。
ハーモス勤怠 by IEYASUは勤怠管理システムであるため給与計算はできません。
正しく勤務時間を記録するところまでの設定（休日出勤を何時間行ったかを正しく管理できるように設定）を行ってください。
その上で、勤怠データをダウンロードして給与計算ソフトに取り込むなどをしていただき、そちらで計算を行ってください。

なお、デフォルトで「法定外休日出勤」「法定休日出勤」の勤務区分をご用意しております。
それらを編集してご利用いただくか、もしくはコピー登録をして新たに勤務区分を作成していただくと設定がスムーズに進みます。