A.

［システム管理＞勤務区分］の勤務区分の中で「公休日数：１」と設定している勤務区分があると思いますが、日次勤怠の公休日数は、その「公休日数：１」の勤務区分が算定期間内にいくつあるかをカウントします。
公休日数が意図せず多く集計されている場合は、勤務日に選択している勤務区分に誤りがある可能性がございます。
［システム管理＞勤務区分］より、勤務日に選択している勤務区分の編集画面へ移動し、公休日数欄が0になっているかどうかをご確認ください。（公休日数が1になっている場合、勤務日に選択している勤務区分も公休日としてカウントされてしまいます）