A.

勤務区分の設定に誤りがある可能性がございます。
振替出勤と振替休日、法定外休日出勤(or法定休日出勤)と代休、どちらも社内にて活用されているのであれば、どちらも勤務区分を正しく設定する必要があります。[システム設定＞勤務区分]より、それぞれの勤務区分をご確認ください。

勤務区分「振替出勤」には、出勤1/振休残数1の設定をしていただきます。そうすることで「振替出勤」を日次勤怠で選択すると振休が1日付与される設定となります。

一方、勤務区分「振替休日」には、振替休日日数1の設定をしていただきます。そうすることで「振替出勤」を日次勤怠で選択すると振休が1日消化される設定となります。

同様に、休日出勤・代休も設定（「休日出勤」出勤1/代休残数1、「代休」代休日数1）していただくことによって、
出勤後の振替休日or代休申請であれば「残数がないため取得できない」という旨のエラーは出なくなります。
（振替出勤後でなければ振替休日は取得できず、休日出勤後でなければ代休は取得できません）