A.
みなし時間の設定にて実質半日分控除、という設定が可能です。

[現在の仕様について]
勤務区分では
▼欠勤日数　含める／含めない
のみ設定が可能であり、「含める」の場合には
勤務区分＞所定時間で設定の1日分の所定時間が控除される仕組みです(所定不足時間に計上されます)。
0.5／1　など数値単位ではないので、半日分のカウント設定はできません。

[半日控除の設定例]
例えば
所定時間8:00のうち半日分の4:00を控除したい場合
欠勤区分でみなし時間4:00を設定する
という方法は可能です。

<設定例>

[所定不足時間への集計結果]