A.一度付与した休暇残数は削除できませんが、
マイナス数値を登録することで残数を相殺することが可能です。

▼参考▼
Q. 休暇残数を削除したい
勤怠管理ハーモス勤怠 by IEYASUの使い方「有給休暇の残数を調整するには？」